Fundado em 1772 por Carlos III como Gabinete Real de História Natural. Parte do acervo que este museu possui deve-se ao doações de Pedro F. Dávila, um comerciante de culto de Guayaquil. Em 1815 ele foi nomeado Museu Real de Ciências Naturais. Em 1887 ele se estabeleceu no Palácio da Indústria e Belas Artes.
Desde 1913 mantém o nome atual. No interior, o museu concentra-se na pesquisa, descrição e conservação da diversidade biológica e geológica de todo o mundo, para a qual possui cinco departamentos especializados.
A sua principal função é a divulgação das ciências naturais e no desenvolvimento dos aspectos didácticos através de publicações e exposições. O ponto de encontro para estudos de pesquisa é Madrid.
Ao visitá-lo você poderá conhecer alguns exemplares históricos como o megaterium, o diplodocus, dioramas de pássaros e mamíferos, museu de história natural, sala dedicada ao Mar Mediterrâneo e uma sala onde estão reunidas as peças históricas mais emblemáticas do museu.
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